Если размер комиссии фиксированный, то ее необходимо указать в Настройках — Управление портфелями и импортировать сделки с флагом «Автоматический расчет комиссий». При занесении сделки вручную фиксированная комиссия, заданная в Настройках портфеля, также будет учитываться.

Если комиссия связана с обслуживанием счета, за депозитарное обслуживание и другие, то в этом случае лучше внести ее через «Добавить новую сделку — Расход». Также вы можете списывать или не списывать деньги со счета, это зависит от ваших задач.

Если вы хотите просто подбить остаток денежных средств, не учитывая детально все комиссии, то можно добавить новую сделку — Списание. Таким образом цифры с вашим брокерским отчетом совпадут.